Natura 2000 to sieć obszarów chronionych w Unii Europejskiej, mających na celu zachowanie różnorodności biologicznej oraz ochronę dzikiej przyrody i środowiska naturalnego. Sieć ta obejmuje obszary o wyjątkowej wartości przyrodniczej, takie jak siedliska przyrodnicze, ptasie, czy gatunki roślin i zwierząt, które wymagają szczególnej ochrony. Każdy kraj członkowski Unii Europejskiej ma obowiązek wyznaczyć obszary Natura 2000 na swoim terenie, a te obszary są następnie objęte specjalnymi regulacjami dotyczącymi ochrony przyrody i środowiska. Celem tworzenia obszarów Natura 2000 jest zapewnienie trwałego zachowania i ochrony dzikiej przyrody oraz zapewnienie zrównoważonego wykorzystania zasobów naturalnych.
Na terenie Gminy Szubin utworzono 4 obszary Natura 2000 o statusie specjalnej ochrony siedlisk trzy obszary oraz jeden specjalnej ochrony ptaków.
Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego (kod obszaru: PLB300001) to obszar chroniony w ramach sieci Natura 2000 - obszar specjalnej ochrony ptaków. Jest to teren o wyjątkowej wartości przyrodniczej, obejmujący dolinę rzeki Noteci oraz Kanał Bydgoski, który jest sztucznym kanałem łączącym Wisłę z Notecią. Obszar ten charakteryzuje się różnorodnymi siedliskami wodnymi, terenami bagiennymi, łąkami oraz roślinnością nadwodną. Jest to ważny obszar dla wielu gatunków roślin, zwierząt oraz ptaków, w tym dla wielu gatunków ptaków wodnych, takich jak perkozy, łabędzie czy kaczki. Ochrona Doliny Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego ma na celu zachowanie bioróżnorodności oraz zapewnienie trwałego zachowania tych unikalnych siedlisk naturalnych.
Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego, obejmująca obszar 32672,1 ha, w tym:
21180,5 ha położone w województwie wielkopolskim na terenie gmin: Chodzież – gmina wiejska (3998,6 ha), Szamocin (5453,7 ha), Białośliwie (2148,9 ha), Kaczory (2144,2 ha), Miasteczko Krajeńskie (2022,2 ha), Ujście (1365,1 ha), Wyrzysk (3486,2 ha) i Gołańcz (561,6 ha),
11491,6 ha położone w województwie kujawsko-pomorskim na terenie gmin: Białe Błota (493,3 ha), Sicienko (1111,7 ha), Kcynia (2406,3 ha), Nakło nad Notecią (4106,5 ha), Sadki (3305,4 ha), Szubin (15,6 ha)- na północ od miejscowości Chobielin Młyn i Miasto Bydgoszcz (52,8 ha);
Celem wyznaczenia obszarów jest ochrona populacji dziko występujących ptaków oraz utrzymanie ich siedlisk w niepogorszonym stanie.
Nazwa sprawującego nadzór: Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Poznaniu; Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Bydgoszczy
Solniska szubińskie zajmują powierzchnię 361,8800 ha - obszar obejmuje słonolubne łąki, pastwiska i szuwary – siedlisko skrajnie rzadkie i ginące w Polsce. Obszar stanowi ważną część polskich zasobów tego typu siedliska.
Nazwa sprawującego nadzór: Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Bydgoszczy
Łąki Trzęślicowe w Foluszu (kod obszaru: PLH040027) to obszar specjalnej ochrony siedlisk, będący częścią sieci Natura 2000. Jest to teren o dużym znaczeniu dla zachowania różnorodności biologicznej, ze względu na występowanie charakterystycznych siedlisk oraz gatunków roślin i zwierząt. Obszar obejmuje rozległy kompleks łąk świeżych i wilgotnych, obszar cechuje wyjątkowe bogactwo gatunków i siedlisk przyrodniczych ważnych dla rejonu Wielkopolski. Łącznie zidentyfikowano 7 siedlisk przyrodniczych, zajmujących ponad 50% terenu. Łąki Trzęślicowe w Foluszu zajmują powierzchnię 2130,8400 ha.
Nazwa sprawującego nadzór: Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Bydgoszczy
Równina Szubińsko - Łabiszyńska (Kod obszaru: PLH040029) to obszar specjalnej ochrony siedlisk, obejmuje dno doliny ukształtowanej przez rzekę Noteć. Wypełniają ją organiczne gleby podlegające ochronie - torfy niskie i mursze. Zagospodarowana jest jako układ łąkowy mający swoją kontynuację w postaci kompleksu łąk Nadnoteckiego Obszaru Chronionego Krajobrazu. Wartością tego obszaru jest jego charakter określany przez ciągły kompleks łąk towarzyszący rzece na długości około 23 km. W obszarze stwierdzono występowanie 5 typów siedlisk przyrodniczych, zajmujących zaledwie ok. 10 % powierzchni obszaru. Występuje tu też starodub łąkowy, choć jego populacja jest niewielka. W obszarze notowany jest też gatunek płaza – kumaka nizinnego.Równina Szubińsko-Łabiszyńska zajmuje powierzchnię 2825,8500 ha.
Nazwa sprawującego nadzór: Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Bydgoszczy
